Za varnost podatkov je pri uporabi eDavkov poskrbljeno po najvišjih standardih, ki veljajo v svetu za elektronsko poslovanje preko interneta.

Uporabnik sistema se ob vstopu v eDavke identificira z enim od podprtih sredstev elektronske identifikacije. Le-to mu določa poslovanje v skladu z njegovimi pooblastili.

Prijava uporabnika v sistem preveri tudi identifikacijo strežnika. S tem je uporabnik zavarovan pred pošiljanjem podatkov na goljufiv strežnik.

Komunikacija med uporabnikovim računalnikom in strežnikom eDavki je šifrirana, kar preprečuje nepovabljen vpogled v uporabnikovo poslovanje.

Strežnik ob prejetju dokument preveri in uporabniku ponudi v podpis. S tem je odpravljena možnost, da bi bili zaradi morebitnih tehničnih napak v eDavke vloženi nepopolni dokumenti.

Ko uporabnik preko eDavkov vloži dokument, ga elektronsko podpiše. Postopek podpisovanja vključuje prepisovanje grafično popačene slikovne kode, ki preprečuje vdor avtomatskim trojanskim konjem (varnostni sistem, ki je znan tudi kot Captcha).

Vsi dokumenti v eDavkih se ob podpisu žigosajo s časovnim žigom SIGOV-CA TSA. Z enoličnim določanjem časa oddaje ne glede na lokalne nastavitve strežnika ali uporabnikovega računalnika je onemogočeno ponarejanje časa oddaje dokumenta.

Uporaba gumba "Podpis" in časovni žig na dokumentu pravno zagotavljata neizpodbitnost podpisnika in časa oddaje.

Elektronska povratnica, ki jo izda strežnik ob prejetju dokumenta, je enakovreden pravni dokaz za davčnega zavezanca.

Vsi dogodki (vpogled v podatke, oddaje dokumentov, spremembe pooblastil) so zabeleženi v dnevniku dogodkov. To velja za vse uporabnike, vključno za poslovne skrbnike - davčne referente.

Strežniki so pred zunanjim svetom zavarovani z več požarnimi zidovi, ki ščitijo podatke in sistem pred nepooblaščenim vdorom.

Tudi ob uporabi vrhunske tehnologije lahko eDavki zagotavljajo varnost le z ozaveščenim ravnanjem uporabnikov. Vsak uporabnik je sam odgovoren za uporabo svojega sredstva elektronske identifikacije.